Snijd het vanillestokje doormidden en schraap het merg eruit. Doe het merg samen met het stokje en de melk in een steelpan en breng dit aan de kook. Haal de pan van het vuur als de melk kookt en voeg de boter toe. Laat deze smelten in de melk en laat alles vervolgens afkoelen tot lauwwarm.

Verwarm de oven voor op 180 °C. Vet een lage taartvorm met een doorsnede van ongeveer 26 centimeter in met boter.

Doe de bloem, suiker en het zout in een kom en meng deze. Voeg de eieren toe en klop deze door de bloem. Verwijder het vanillestokje uit de afgekoelde melk en voeg de melk al kloppend toe aan het beslag. Mix het beslag tot er geen klontjes meer inzitten, dit gaat het makkelijkst met een (hand)mixer met garde(s) of een garde.

Leg de kersen in de ingevette taartvorm. Schenk er vervolgens het beslag op, tot de kersen bijna helemaal bedekt zijn. Bak de kersen clafoutis 40-50 minuten, tot deze gesouffleerd en licht goudbruin is. Serveer de clafoutis direct, bestrooid met poedersuiker en met een klodder crème fraîche.